Begini Lima Tahap Pemeriksaan Sampel COVID-19 di Labkesda Jabar Balai Pengembangan Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Jabar dengan Biosafety Level 2 (BSL-2) ditunjuk menjadi salah satu laboratorium pemeriksa sampel terduga COVID-19 di Jabar. (Foto: Humas Jabar

MerahPutih.com - Provinsi Jawa Barat (Jabar) memiliki Balai Pengembangan Laboratorium Kesehatan Daerah (Labkesda) Provinsi Jabar sebagai salah satu laboratorium yang ditunjuk dalam pemeriksaan sampel COVID-19.

Ratusan kasus positif yang dilaporkan di Jabar pun di antaranya dipastikan melalui lima tahap pemeriksaan di Labkesda Jabar bekerja sama dengan ITB dan Unpad.

Lima tahap tersebut yakni proses ekstraksi, real time PCR (Polymerase Chain Reaction), interpretasi hasil, verifikasi, dan validasi.

Baca Juga:

Anggota DPRD Solo dari Golkar Sumbangkan Tiga Bulan Gaji Untuk Penanganan COVID-19

Lebih dulu, sampel usap (swab) dari pasien COVID-19 diambil oleh petugas sampling dengan Alat Pelindung Diri (APD) lengkap untuk dimasukkan ke dalam Viral Transport Media (VTM) dan diserahkan ke Labkesda Jabar untuk diperiksa.

Lantas, bagaimana rincian penentuan nasib seseorangitu dari berwujud sampel swab hingga dinyatakan positif atau negatif virus SARS-CoV-2?

Bergantian, Kepala Laboratorium Genetika dan Bioteknologi Molekular Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (SITH) ITB Azzania Fibriani S.Si.,M.Si.,Ph.D. dan Yang sekarang jadi bottle neck itu tahap ekstraksi, S.Si., analis/ahli biologi dari Laboratorium Mikrobiologi Labkesda Jabar menjelaskan bagaimana pekerjaan.

"Jadi nanti swab digabung dalam tabung yang berisi VTM. Tabung ini hanya boleh dibuka di Biosafety Cabinet. Sampel itu diekstraksi, cairan ini (VTM) diambil 200 mikroliter dan masuk reagen ekstraksi. Prosesnya itu dari melisiskan virusnya, RNA diambil melalui metode spin column. RNA berikatan dengan resin yang ada di kolom itu," ucap Aulia.

Balai Pengembangan Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Jabar dengan Biosafety Level 2 (BSL-2) ditunjuk menjadi salah satu laboratorium pemeriksa sampel terduga COVID-19 di Jabar. (Foto: Humas Jabar)

"Setelah RNA diambil semua, lalu dipurifikasi dengan reagen yang ada di dalamnya, dicuci dari pengotornya RNA misalnya protein dan komponen lain yang mengganggu nanti di proses PCR. Setelah ada RNA total yang bersih, lalu menuju tahap PCR," kata Aulia.

Masuk ke tahap PCR, Nia menjelaskan, Real Time PCR merupakan metode tes yang paling sensitif untuk mengetahui ada tidaknya virus penyebab COVID-19. "Jadi Real Time PCR ini bisa mendeteksi virus dengan detection limit yang sangat rendah yaitu 100 copies/ml," ujarnya.

Sebelum mendapat bantuan dari Pemerintah Daerah Provinsi Jabar, Nia berujar timnya masih menggunakan primer dan probe dari CDC Amerika. Kelemahannya, reagen menarget tiga gen dari virus tersebut sehingga dengan reaksinya singleplex, artinya sampel satu pasien harus punya empat reaksi untuk mendeteksi virusnya.

"Dengan kapasitas sekarang, itu bisa memperlambat (proses). Oleh karena itu kita berubah ke kit dari Korea Selatan namanya Allplex. Nah Allplex ini sama, menarget tiga gen dalam virus COVID-19 tapi reaksinya multiplex artinya satu pasien itu cukup dites dengan satu reaksi saja," kata Nia.

"Jadi misal ada 96 tes dalam sekali running (mesin Real Time PCR), artinya kita bisa mengetes 96 pasien. Jadi 3 jam bisa dapat 96 pasien, sangat menghemat waktu dan tenaga," tambahnya.

Baca Juga:

Operasional KA Bandara Solo Dihentikan

Selain itu, Nia berujar bahwa hasil yang keluar baik dari ekstraksi maupun Real Time PCR harus memiliki nilai internal control yang baik. Jika tidak keluar nilai internal control, bisa dikatakan sampel itu tidak valid dan ekstraksi harus diulang.

"Di kontrol PCR , ada kontrol negatif dan positif. Jadi kontrol negatif itu harus selalu negatif, dan kontrol positif harus selalu positif. Misal dalam satu kali running (Real Time PCR) kita menemukan kontrol negatifnya jadi positif, itu juga harus diulang hasilnya," ucap Nia.

Adapun deteksi Real Time PCR yang dilakukan Nia dan rekan bersifat kualitatif. Artinya, hanya diketahui ada tidaknya virus (dalam hal ini COVID-19) tanpa mengetahui jumlah copy number.

"Nanti bisa dilihat nilai Ct (cycle threshold), semakin rendah nilai Ct, virus tersebut semakin tinggi. Semakin tinggi nilai Ct semakin rendah jumlah virusnya. Lalu dibuat interpretasi apakah (sampel) itu positif, negatif, atau invalid. Kurva amplifikasi akan muncul ketika virus itu terdeteksi. Ketika negatif, tidak akan ada amplifikasi," tutur Nia.

"Setelah interpretasi, kami laporkan ke para dokter yang akan melakukan tahap selanjutnya yaitu verifikasi dan validasi untuk dilaporkan ke rumah sakit maupun Dinas Kesehatan" ujarnya.

Sementara itu, saat tahap Real Time PCR sendiri, virus sudah tidak infectious atau bisa menginfeksi sehingga APD yang digunakan tidak lengkap, hanya berupa jas laboratorium, masker, dan sarung tangan.

"Interpretasi juga dilakukan di komputer. Jadi (APD) yang lengkap saat tahap ekstraksi dan pengambilan sampel (saat tes swab)," katanya.

Balai Pengembangan Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Jabar dengan Biosafety Level 2 (BSL-2) ditunjuk menjadi salah satu laboratorium pemeriksa sampel terduga COVID-19 di Jabar. (Foto: Humas Jabar)

"Kami masing-masing pakai APD selama tiga jam mengerjakan ekstraksi, dan kebutuhan personal diselesaikan sebelum masuk laboratorium," ujar Nia.

Saat ditanya tahap terberat, Nia menjawab, saat ini ekstraksi masih menjadi tahap paling berat karena dilakukan secara manual. Pasalnya, dua alat ekstraksi otomatis masing-masing dari Pemerintah Daerah Provinsi Jabar dan Unpad belum bisa digunakan sebelum optimasi selesai.

"Yang sekarang jadi bottle neck itu tahap ekstraksi karena satu orang itu maksimal memegang 24 sampel dalam tiga jam, satu hari ada enam orang jadi total 144 sampel. Sementara di (tahap) Real Time PCR, dalam tiga jam kami bisa produksi 96 data (dengan satu mesin)," kata Nia.

"Dengan (jumlah) mesin Real Time PCR sekarang, kami optimal memang bisa running kurang lebih 1.200 sampel per hari. Tapi masalahnya, kapasitas ekstraksi masih 144 sampel per hari, jadi (jumlah hasil) Real Time PCR tidak bisa mengikuti," tuturnya.

Baca Juga:

Periksa Wahyu Setiawan, KPK Dalami Sumber Dana Suap Harun Masiku

Tantangan lainnya, lanjut Nia, adalah VTM yang berbeda-beda dari setiap sampel sehingga timnya harus menyesuaikan pekerjaan dengan metode yang berbeda.

"Misal tidak terbaca, kita telaah lagi metodenya, jadi trial itu selalu ada. Ada juga rumah sakit yang tidak punya VTM, hanya mengirimkan dahak, itu juga ada metode lagi yang digunakan. Jadi dalam menjalankan lab ini memang ada modifikasi-modifikasi lagi," ujar Nia mengakhiri.

Berita ini ditulis berdasarkan laporan Mauritz, reporter dan kontributor merahputih.com untuk wilayah Jawa Barat.

LAINNYA DARI MERAH PUTIH
 Tanpa Kehadiran Ibunda, AHY Akui Berat Jalani Lebaran Kali ini
Indonesia
Tanpa Kehadiran Ibunda, AHY Akui Berat Jalani Lebaran Kali ini

"Idulfitri kali ini masih berat bagi keluarga kami. Ibu Ani berpulang tanggal 27 Ramadhan tahun lalu. Artinya, tahun ini adalah tahun kedua Idulfitri tanpa Ibu," tutur AHY.

Aksi Bripka Sigit Bukti Rumitnya Lalu Lintas di Indonesia
Indonesia
Aksi Bripka Sigit Bukti Rumitnya Lalu Lintas di Indonesia

Apa yang dilakukan Bripka Prabowo bekerja tanpa ingin diberi imbalan

MA Tolak Bentuk Tim Investigasi Internal Usut Kasus Nurhadi
Indonesia
MA Tolak Bentuk Tim Investigasi Internal Usut Kasus Nurhadi

Apalagi, saat ini Nurhadi sudah tidak lagi berstatus sebagai pejabat di MA

Jokowi Minta ‘Sharing The Pain’ Jadi Acuan Sektor Ekonomi Selama COVID-19
Indonesia
Jokowi Minta ‘Sharing The Pain’ Jadi Acuan Sektor Ekonomi Selama COVID-19

Jokowi ingin konsep tersebut diacu oleh pemerintah, Bank Indonesia (BI), Otoritas Jasa Keuangan (OJK), perbankan, dan pelaku usaha

Pemprov DKI Denda Empat Perusahaan Langgar PSBB, Angkanya hingga Rp70 Juta
Indonesia
Pemprov DKI Denda Empat Perusahaan Langgar PSBB, Angkanya hingga Rp70 Juta

Ada satu pelaku usaha yang dikenakan sanksi berupa denda Rp5 juta.

Jelang Masa Transisi PSBB di DKI, Polisi dan TNI Bakal Perkuat Pengawasan
Indonesia
Jelang Masa Transisi PSBB di DKI, Polisi dan TNI Bakal Perkuat Pengawasan

Keberhasilan dalam hal percepatan penanganan Covid-19 bergantung kepada kesadaran masyarakat menjalankan protokol kesehatan.

Kembali Bertambah, Oknum TNI Tersangka Perusak Polsek Ciracas Jadi 58 Orang
Indonesia
Kembali Bertambah, Oknum TNI Tersangka Perusak Polsek Ciracas Jadi 58 Orang

Penyidik pun sudah mulai memasuki tahap pemberkasan terhada para tersangka perusakan

Menteri Edhy Janji Perbanyak Eksportir Benih Lobster
Indonesia
Menteri Edhy Janji Perbanyak Eksportir Benih Lobster

"Kalau ada tiga orang yang secara langsung berkorelasi dengan saya apakah salah. Kalau saya menteri apakah teman-teman saya tidak boleh berusaha. Yang penting kan perjanjiannya," katanya.

Warga Jateng yang Selesai Observasi Corona di Natuna Tak Butuh Perlakuan Khusus
Indonesia
Warga Jateng yang Selesai Observasi Corona di Natuna Tak Butuh Perlakuan Khusus

10 warga Jateng yang selesai menjalani observasi selama 14 hari di Natuna sudah kembali ke rumah masing-masing

PT KAI Perpanjang Tidak Beroperasinya Kereta Lokal Karawang-Jakarta
Indonesia
PT KAI Perpanjang Tidak Beroperasinya Kereta Lokal Karawang-Jakarta

Sampai saat ini KAI Daop 1 Jakarta baru menjalankan satu kereta api lokal yakni KA Lokal Siliwangi relasi Sukabumi- Ciranjang